六垛南闸位于射阳县与滨海县交界处，离扁担港口7.5km，是灌溉总渠最后一级控制，始建于1952年10月，1953年7月竣工，7孔，单孔净宽9.2m，设计流量800 m3/s，主要功能为灌溉、排涝、挡潮。

闸身总宽71.25m，分三块底板，共七孔，其中第一、三块底板各布置两孔。每孔净宽9.2m；采用弧形钢闸门，配备QPQ2×10吨手摇电动两用启闭机；汽－10级公路桥宽4.8m；上游翼墙为钢筋混凝土空箱翼墙和重力式翼墙两部分，墙顶高程5.15m；下游翼墙为浆砌块石重力式翼墙，顶高程为4.65m。